ASSASSIN'S CREED II:

Lucy revient pour faire évader Desmond des locaux d'Abstergo. Il est amené dans un repaire caché des Assassins où il rencontre de nouveaux alliés, Shaun et Rebecca, et où il va essayer une version mise à jour de l'Animus. Connaissant maintenant les enjeux, Desmond replonge de son plein gré dans l'Animus et explore les souvenirs d'Ezio Auditore da Firenze, un jeune noble né en 1459 à Florence en République florentine. De même qu'il a gagné la Vision d'Aigle d'Altaïr, Desmond espère ainsi assimiler les capacités d'Assassin de son aïeul par « effet de transfert » et devenir un Assassin complet.

Le père et les frères d'Ezio sont exécutés par Uberto Alberti, un notable corrompu par les Templiers. Ezio tue Uberto par vengeance, avant de fuir Florence avec sa mère et sa sœur pour la villa familiale à Monteriggioni. Là, il est formé par son oncle Mario à être un Assassin comme son père le fut. Ezio traque ensuite les Templiers à travers l'Italie et se retrouve impliqué dans la conjuration des Pazzi puis les complots autour du palais des Doges à Venise, tramés par les Templiers de son époque, avec à leur tête Rodrigo Borgia. Ezio fait également la rencontre d'un allié, l'inventeur Leonardo da Vinci, qui décode les pages du Codex, un ouvrage cachant les mémoires d'Altaïr ainsi que des plans pour un équipement amélioré d'Assassin. Quand Ezio regarde les pages du Codex par la Vision d'Aigle, les trente pages montrent une carte cachée localisant les différents temples oubliés de « Ceux qui étaient là avant ». Il découvre ainsi les intentions de Borgia : retrouver la Pomme d'Eden, dissimulée à Chypre, afin d'ouvrir le temple situé dans les sous-sols du Vatican.

Durant son immersion, Desmond fait l'expérience d'étranges effets événements. Il découvre d'abord des glyphes laissés apparemment par le sujet précédent (celui qui a laissé les traces de sang chez Abstergo, parce qu'il a été rendu fou à force d'être plongé dans l'Animus) qui cachent plusieurs informations relatives aux complots des Templiers et à une fin du monde imminente. Il fait plus tard le rêve d'être à nouveau Altaïr, pourchassant Maria Thorpe, une femme Templier avec qui il a une relation amoureuse. Finalement, plusieurs années sont passées, ramenant l'intrigue en 1499 au Vatican, où Ezio va affronter Rodrigo Borgia, devenu depuis le pape Alexandre VI. Les souvenirs passés sous silence concernent la Bataille de Forlì et le Bûcher des Vanités.

Borgia est désormais Pape et a en sa possession le Bâton, un autre Fragment d'Eden. Persuadé d'être le Prophète décrit dans les pages du Codex, il tente de pénétrer dans le temple, mais Ezio le rejoint, le bat mais l'épargne, avant d'ouvrir la porte. Il y découvre un hologramme d'une femme, que l'Histoire a appelée Minerve, et qui serait d'une civilisation dont les membres auraient créé les humains. Minerve raconte qu'une catastrophe a failli détruire le monde en son temps et que ceci est sur le point de se reproduire. S'adressant directement à Desmond, elle lui confie la tâche d'empêcher le cataclysme, laissant Ezio dans l'incompréhension.

Desmond est alors sorti de l'Animus pour aider à repousser l'attaque d'Abstergo, avant d'organiser la fuite vers un autre lieu sûr. En attendant, Desmond décide de retourner dans l'Animus afin de rechercher d'autres indices.